马芳，字德馨，别号兰溪，山西蔚州人，明朝中期名将。身世农家，八岁时被鞑靼掳走，后逃回大同，效力于大同总兵周尚文麾下。历仕嘉靖、隆庆、万历三朝，在与鞑靼作战中屡立功勋，渐获升迁，历任宣府总兵、都指挥佥事、左都督等职。因病归乡，去世时年六十四。战功卓著，其时有“勇不外马芳”之说，《明史》称其“巨细百十接，身被数十创，以少击众，未尝不大捷。擒部长数十人，斩馘无算，威名震边陲，为一时将帅冠”。
马芳，其家为宣化领土农户，幼时遭继母虐待，他不堪羞辱，十岁时逃离家乡，南侵的鞑靼骑兵掳掠，替俺答汗放养马匹，他年纪尚幼，已能“腾跃控御”，使马匹不敢踢咬。自幼开始“曲木为弓”，精练骑射武艺，每发皆中。青年时，一次随阿勒坦汗狩猎，突然突出一只斑斓猛虎现身，直扑阿勒坦，众人登时惊慌逃避，唯独马芳面不改色，弯弓搭箭，就地击毙猛虎。阿勒坦对马芳赞赏不已，赠予他“良弓矢，善马”，还命他“侍左右”，虽然受到阿勒坦的重用，但是他心在明朝。马芳乘追随阿勒坦至临近明朝边镇的大同外围狩猎之机，趁夜盗马逃出，连夜投奔至大同军营。大同总兵官是周尚文，史载此人“多谋略，精骑射，优将才”，这位敬服人才的名将见到马芳后大感惊奇，马上任命他为队长。
马芳自任队长开始，屡次奋勇冲杀，因他在蒙古生活多年，熟知蒙古骑兵的作战特点，所以每战皆能重创来敌，献计率精骑抄袭蒙古骑兵后路，迫使蒙古雄师北撤，周尚文大赞道：“汝他日必为能将。”
庚戌之变发作，阿勒坦率军犯大同，总兵官张达和副总兵林椿皆战死，宣大总兵的仇鸾惶惧无策，竟以重金行贿俺答，使移寇他塞，勿犯大同。阿勒坦自古北口入，杀掠无数，已是千户的马芳先在怀柔遭遇了阿勒坦，马芳身先士卒，就地阵斩阿勒坦部将，迫使阿勒坦暂退，但对整个战局于事无补。两个月后，蒙古骑兵入侵山西威远，马芳率部迎敌，他先是看穿了对手用孱弱骑兵引诱明军中伏的花招，接着反将蒙古军引入明军伏击圈，于一场鏖战中大北之。告捷后，部将们以为敌人已退，纷纷松一口气，马芳却冷静判断出敌人一定卷土重来，立刻在野马川布防，果见大队蒙古骑兵杀来。敌众我寡下，马芳毫无惧色，命部将先退却，自己亲率精壮勇士断后，一场恶战竟打得优势军力的蒙古军溃逃，马芳立刻转守为攻，追击至山西泥河再次大破敌人。马芳先升任宣府游击将军，继而破格提升为正二品都督佥事，至年末又加封为正一品左都督，驻守宣府时，与权臣严嵩的同党、咸宁侯仇鸾不睦，曾因此坐连镇山敦之败而遭罚俸，其奇袭蒙古军迫其退兵的战果更被仇鸾窃取。
马芳任宣府游击时，重立“军战连坐法”，划定临战畏敌不前者，后队斩前队，将领畏敌不前者，士兵斩将领，每战依旧率先冲杀敌阵，引得属下殊死效命。又向兵部上奏，提出“尽遣宣府客兵，以乡人守乡土，可得虎师。”朝廷接纳此议，在山西当地征募青壮从军，马芳更认定“兵之优劣，重在选练之效”，不光在军中制定严格的赏罚治理训练条例，招募当地拳师以及蒙古降兵为教官，更常在训练中“亲执械示范格杀”。
针对明朝军中将官刻薄虐待士卒的陋习，马芳调任宣府游击时，便曾命亲兵在军中秘查，先后惩治虐待士兵克扣军饷的将官二十多人，一时间“军纪大振”。升任总兵后，他更颁布严格条令，划定将官有虐待士卒者，要处以至少八十军棍的刑罚，有克扣军粮者，不光大刑伺候，工业更要充公。为阻止当地权贵擅调士兵充奴婢，马芳竟对山西某权贵“拔刀怒向”，终迫使其送还被征调的士卒三百余人。马芳还从麾下的士兵里挑出数十名最精壮的人，组成“家兵”，这支队伍，在以后的数场战争中发挥了巨大的作用。
马芳曾对兵部尚书赵锦言，明军较之蒙古军，有三“不行比”：一为蒙古军“天生骑射，弓马娴熟”；二为“来去迅即，左支右绌”；三为“居无定所，进退自由”。为解决这三“不行比”，他并非像其时其他边将那样建议以守为主，靠修筑边墙来阻遏敌人进攻，相反却缔造性思维，提出了“以骑制骑”的作战思路。即先是结合南宋吴玠的“叠阵法”，发挥明军在火器技术上的优势，为边镇骑兵大规模装配火器，作战中火枪骑兵，骑射兵，刀兵相互配合，重复冲杀，以此“可补骑射之短也”。
明朝骑兵大规模装备“三眼铳”、“五眼铳”等连生机械，正是今后时开始。而在作战思路上，马芳更将“以快制快”发挥到极致，主张每年冬春之季，派遣精锐骑兵组成小分队对蒙古草原进行反突击，以劫掠马匹和焚烧草场为作战目标，最大限度摧毁蒙昔人的作战资源，而当蒙古军南下侵扰时，切忌闭关消极防守，而是要以远程奔袭，隔离蒙古军后路，聚歼蒙古军有生力量为目的。诚如他自己所言：“克掳之道，重在料敌先发，敌欲动我先动，以我火器骑射之长，克敌弓弩骑射之短，重创敌于塞上，方为制胜之法也。”
马芳的提议引起朝野的纷纷侧目，早在任参将的时候，御史夏阳就曾弹劾他“骄兵悍将，邀功贪战。”对其“以骑制骑”的战法，兵部侍郎赵应奎更斥为“沽名钓誉，不识边务。”论为官，马芳却颇为清廉，宣大总兵仇鸾在任时，山西当地将官每逢过年都要按老例送礼，美其名曰“冬礼”，马芳非但不加入，更常找借口远避之。仇鸾开罪后，继任的宣大总督杨顺每逢蒙古骑兵侵扰时，只会闭关求太平，只在敌人退走后才作态追击，而且他时常命部下屠戮逃难的黎民，割头后剃发冒充蒙古兵以充边功，对此行为，马芳愤然抵制，严令属下“敢有随之杀良冒功者立斩”。因他清廉不冒功，仇鸾在时，曾夺他奇袭阿勒坦之功；杨顺在时，也曾牵连他因“坐连战败”而罚俸。马芳虽看似不懂人情，实际上颇有见识。他不“孝敬”仇鸾，因他深知仇鸾“性桀骜贪暴，势难恒久也。”抵制杨顺“杀良”，更因他明白此举“必招怨怒，从之亦难免罪”。事实上，都御史方逢时及几任的兵部尚书王邦瑞、赵锦等皆与他交好，厥后担任宣大总督的名将王崇古更将马芳“引以为知交”。
马芳每镇守一地，除悉心练兵防御外，更留心搜集当地珍奇土特产，用以馈赠列位“上级”，因此，他每每选将练兵，整饬军备，都“精兵良械优给之”。权臣严嵩之子严世蕃同样颇为忌惮马芳，曾申饬杨顺道：“虽外貌憨鲁，实心细如发，更兼胸怀韬略，不行引之为仇也。”
而在此时，阿勒坦重开战端后，连年侵扰明朝领土，摧毁边镇碉堡无数，从二月至十月，连续对明朝宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃五雄师事防区进行掠夺式侵扰，所过之处“军堡尽毁，府库尽遭掠，黎民流离被掳者无数”。期间，明军总兵、参将、指挥等巨细各级军官战死者数十人，军队损失惨重。
与此同时，马芳开始还击，阿勒坦故伎重演，绕过宣大防线，率骑兵再次闪击至明朝京城外围的怀柔地域，一时间京师大警，数万援军畏惧阿勒坦兵威，纷纷张望不敢战。危急之下，照旧参将的马芳慨然出击，率麾下两千精骑在保安与阿勒坦军血战，是役马芳军“奋勇跳荡，生猛敢战”，杀得阿勒坦部退却十数里。横遭重击的阿勒坦不知明军虚实，立刻下令全军北撤，此战中马芳身负五处刀伤，坐骑也被射杀，可谓以命相搏，世宗朱厚熜听闻后叹息道：“勇不外马芳。”而蒙古军中也深知马芳威名，尊称他为“马太师”，马芳之勇猛，今后一战成名。
屡立战功的马芳暂离山西，升任蓟镇副总兵，这次他的主要对手，换成了恒久侵扰明朝东部边陲的蒙古土蛮部，马芳刚一到任，土蛮即发动十万骑兵南下侵扰，马芳一面命他的“家兵”从侧翼攻击蒙古军，一面与总兵欧阳安一道在界岭口迎敌，一番鏖战，杀得土蛮前锋暂退且俘获多人，审讯时有蒙古俘虏盯着马芳道：“马太师也！”马芳闻言，立刻“免胄示之”。得悉对手正是数度重创蒙古骑兵的马芳，十几万土蛮骑兵立马仓皇北撤，土蛮刚撤军，阿勒坦又卷土重来。
阿勒坦侵扰河北地域，因时任蓟辽总督的王杼指挥无方，导致明军全线瓦解，遵化、玉田等重镇相继沦陷，马芳率领骑兵远程奔袭，在金山寺一战里重创蒙古骑兵，再次迫使阿勒坦北撤，但战后追究败因，马芳以“抗敌不力”的罪名被剥夺副总兵一职，贬为都督佥事。
马芳移守宣府，再次与阿勒坦正面反抗，阿勒坦南下侵扰，与以往疏散式骚扰差异，这次他改为“重点攻击”，兵锋直逼山西地域。明军当地队伍却纷纷溃退，身在宣府的马芳却决心“先发制人”，在阿勒坦部南下之初，即侦之其队伍动向，经重复筹谋，终定下从宣府奔袭至山西，给阿勒坦以重击的方略。副将赵勇担忧此举风险太大，且山西并非宣府防区，“张望”可免责，一旦失败即罪不容赦。马芳不听，率军连夜急行军五百里，抵达大同外围，终于捕捉到了阿勒坦主力，此时正是凌晨，马芳并不急于进攻，照旧先以其精锐“家兵健儿”为先导，趁夜色潜入蒙古军营中纵火。继而马芳领军奋勇冲杀，在正面对蒙古军提倡强攻，猝不及防的阿勒坦果真大溃，明军以死相拼，是役蒙古军“惊慌失措，相互踩踏死者无数”。但面临突发局面，阿勒坦却坚决应对，他冷静的整合戎马，命令队伍交替掩护退却，且亲自留队断后，经殊死搏杀，终于乐成的顶住马芳的强攻，安然抽身北退。不宁愿宁可的阿勒坦小退二十里，与马芳相持。
初战告捷，马芳乘胜追击，率部连续进逼阿勒坦，意图复仇的阿勒坦连续在兔儿岭、饮龙河等地与马芳接战，马芳手下的宣府精骑重复拼杀，刀兵、火枪兵、骑射手海浪般来回纵马攻击，火枪与铁骑相互配合冲锋的战术，令只善骑射的蒙古军接连受挫，整齐划一的冲杀与轰鸣咆哮的火枪弹丸下，蒙古骑兵纷纷被打落马，频频接战皆伤亡惨重，但阿勒坦的军队究竟训练有素，每遇战事倒霉的情况，随即能够发挥机动性优势，通过交替掩护的方式安然退却，随后连续五战，马芳虽节节胜利，却始终不能重创敌人。
阿勒坦且战且退，渐退至明朝领土的怀安地域，阿勒坦意图绝地还击，先以小股骑兵诈败诱使马芳轻进，企图将马芳诱引至塞外草原，再发挥蒙古骑兵的机动力聚而歼之，马芳果真率部突进，阿勒坦大喜，正欲合围歼之，却见蒙古军两翼突现明军。原来，马芳早部署他的“家兵健儿”从侧翼突进，在战斗打响后将蒙古军拦腰斩断，一场原本阿勒坦计划内的伏击战，反成了明军的扑灭战，此战“连续昼夜，格杀甚烈，”马非谰人依旧身先士卒冲荡敌阵，冲杀间竟然“马刀砍损三把”，经一夜恶斗，蒙古骑兵终于倒在明军坚韧的精神面前，仓皇的扔下满战场的尸体拔马溃散，阿勒坦遭遇了第一场惨败。
马芳出塞、奔袭、破敌、追杀、决死恶斗，七战七捷，赢得了一场场胜利，从宣府到大同、从大同至怀安，马芳军的奔袭距离，在这场战斗中竟长达一千里，捷报传来，大明上下震惊，朝野上下一片狂喜，世宗复加马芳为左都督，擢升为宣府总兵官。
马芳升任宣府总兵后，为实现“先发制人”，多年来时常命亲兵化妆混入被蒙古军掳走的逃难黎民里，乘隙混入蒙古军中“卧底”，对阿勒坦所信任的叛将们，马芳也苦心策反，先后生长了多位“线民”，并借机派细作混入其中。这些被马芳派去“潜伏”的人，今后都将种种重要情报送回。因此马芳对于蒙古部落特别是阿勒坦部的运动情况了如指掌，而王崇古就任宣大总督伊始，曾与马芳一道商讨战事，事后大赞道：“胡骑来去虽快，却难逃马桂馨线人。”
凭借正确的情报，马芳逐渐斗胆实现他“先发制人”的战略，从担任参将开始，马芳就开始着手组建隶属于他的“家兵”。每当阿勒坦进犯的情报送来后，马芳立刻将他的“家兵”散布在明蒙接壤的领土线上，组成数支三十至四十人的“小分队”，当阿勒坦放肆进犯后，马芳的“家兵”立刻全线出动，对蒙昔人的后方进行疯狂的抨击性攻击，或抢夺马匹，或焚烧草场，或袭击阿勒坦的辎重粮草，与马芳的主力队伍前后夹击，破坏阿勒坦的入侵。担任宣府总兵后，马芳越发胆大，除了每年频繁的侵扰阿勒坦，更多次组织主力队伍，对领土蒙古部落发动大规模的处罚性袭击。
史载他“或躬督战，或遣婢将”，每年“数出师捣巢”，多次“多所斩获，寇大震”。规模最大时，马芳亲率雄师奔袭四百里，捣毁内蒙古兴和地域的蒙古部落后，竟在当地旧碉堡遗址上“登高四望，耀兵而还”。马芳率主力出击内蒙北沙滩，意图重创阿勒坦主力，但阿勒坦却巧妙绕开马芳兵锋，奇袭马芳辖区宣府，攻破重镇隆庆，事后马芳因“坐寇入”之罪遭朝廷严斥，被夺去左都督职务，念及往昔战功被令“戴罪立功”。
自马芳担任宣府总兵后，阿勒坦的侵扰重点，就逐渐转向延绥、宁夏、甘肃等地域。受马芳影响，延绥总兵赵苛，大同总兵姜应熊等边将也屡次主动出击，对蒙古部落发动抨击，虽然有胜有败，但忌惮明军反扑的阿勒坦终不敢如往昔那般势如破竹，再加上蒙古部落连续数年频遭雪灾，导致阿勒坦数次南侵皆损失惨重，徐徐陷入颓势。
为扭转局面，阿勒坦集结十万骑兵，以其宗子辛爱统帅，发动了对明朝领土重镇万全右卫的大规模攻击，马芳也因此迎来了他一生中最凶险一战——“马莲堡会战”。
万全右卫是明朝宣府西路长城的要冲，在明蒙战争中，它既是停止蒙古军攻势的战略要地，更数次挫败蒙古军入侵。但阿勒坦竟一次动用了十万精骑的重兵，一旦万全右卫沦陷，阿勒坦此次南侵就将无后顾之忧，不光河北地域会惨遭涂毒，京城宁静也将受严重威胁。战事发作后，明朝迅速做出反映，兵部尚书杨博急命固原、延绥、宣府、大同、蓟镇五大总兵率精锐驰援，马芳率宣府军在正面迎击蒙古军主力，蓟镇援军从侧翼夹击，大同、延绥、固原三镇精兵于山西天成、阳和地域设伏，意图聚歼蒙古军主力。
而担任正面迎击的马芳，恰是明军战略中的要害棋子，但马芳率一万精兵刚刚赶到万全右卫北面二十里的马莲堡，即与蒙古军侦骑遭遇，继而蒙古军十万主力队伍敏捷扑来，敌众我寡下，有副将建议立刻南撤，与万全右卫守军汇合后再战，马芳断然拒绝道：“今敌气势正盛，避之必淹没，唯痛击也。”立即下令全军在马莲堡设防，升起“马”字战旗，与蒙古军针锋相对。此时大同、延绥、固原三镇援军相距遥远，蓟镇援军尚在途中，万全右卫守军军力单薄，马芳所在的马莲堡，已是彻头彻尾的“绝地”。慑于马芳的威名，蒙古军未敢立刻提倡强攻，仅派小股骑兵连续试探，马芳镇定自若，坦然应对，命令部下轰轰烈烈，摆出数万精兵坐镇的假象。不明虚实的蒙古军不敢近前，仅用硬弩和土铳不停轰击，双方坚持至下午。
年久失修的马莲堡城墙在蒙古军的攻击下又突然坍塌，正当马芳的部将正慌忙修缮城墙时，马芳却断然制止，相反命令全军偃旗息鼓，甚至对蒙古军的骚扰也不再还击，一时间全军摆出了“空城计”的态势。入夜后，为试探马芳虚实，蒙古军轰轰烈烈摆出全面进攻的架势，甚至点起火炬彻夜呐喊辱骂，一时间“野烧蚀天，嚣呼达旦”，马芳却不慌不忙，命部下堂而皇之打开马莲堡城门，自己却在军帐里安然静坐，对蒙古军的挑衅充耳不闻。虚虚实实下，蒙古军果真上当，叫嚣整夜，却不敢贸然进攻。
“空城计”终为马芳赢得了名贵的还击时间，越日上午，马芳亲临阵前视察，判定蒙古军正准备退却，马芳立刻下令全军追击，先命火器齐轰，然后全军出击，明军“喊杀冲突，悍勇不行挡”。猝不及防的蒙古军再次大溃，不光被马芳追杀数十里，更被赶进了明军早已设伏良久的大同，延绥两镇精兵乘机出动，一路奋勇追杀，“沿途斩首俘获甚重”，阿勒坦再次大北。此情此景，诚如战后在杨博的奏折中所言：“此役同仇敌忾，追歼逐北，其酣畅淋漓，为九边稀有也。”对马芳，杨博更赞不停口，称其“以汉李广之智勇，首挫寇之兵锋，当为头功也。”
万全右卫之战胜利后五个月，世宗驾崩，其子穆宗朱载垕登位即位，次年改年号为“隆庆”。穆宗即位初期颇有作为，对北部边防鼎力大举整治，而马芳也复职左都督。阿勒坦连续对蓟镇、宣府、大同、固原诸重镇发动了七次侵扰，明军严防死守，皆迫使阿勒坦无功而返，受挫之下，阿勒坦依其属下献策，经仔细筹谋，命其子辛爱率五万骑兵佯攻蔚州，待马芳中计出击后，再派精锐骑兵乘虚攻击宣府，企图重演嘉靖四十二年闪击宣府的先例。但马芳并未中计，当蒙古军奔袭至宣府后，不光见宣府重镇已经严阵以待，马芳更砍伐周边树木在城墙周边环列成栅栏，组成一道停止蒙古骑兵突击的防线。阿勒坦见状，只得率军北撤。马芳却仍率军尾随追杀二百里，终于在长水海大破阿勒坦主力。
阿勒坦在马芳回师后，立刻集结重兵，再次发动进攻。阿勒坦兵锋迫近时，马芳尚在用饭，闻讯后马芳立即“掷碗碟于地”，对众将大叫“且随我夺虏食”，立刻率兵出战，在内蒙古鞍子山与阿勒坦军相逢，再次击破阿勒坦，迫使其撤还。战后，马芳命人烹制美食，与此战中阵亡将士的尸骨一起下葬，时任宣大总督的陈其学闻之叹息道：“爱兵如此，方有虎师也。”
宣府遇挫后，阿勒坦转而对邻近宣府的大同地域发动进攻。而宣大总督陈其学判断失误，命大同总兵赵苛将重兵屯守在紫荆关，虽一度击退敌军，却反被阿勒坦避实击虚，绕开紫荆关攻入怀仁、山阴等地域。陈其学在盛怒之下，命时任宣府总兵的马芳与大同总兵赵苛换防，让马芳率军预防阿勒坦，而阿勒坦却转而强攻宣府统领的威远地域，待到马芳率军驰援时，阿勒坦又率军北撤。
面对阿勒坦的侵扰，马芳决定主动出击，如他对诸将所言“非大创之不行”，马芳探知阿勒坦将主力屯于咸宁海子，随即集中全部主力出击，战前马芳严令三军，全军弃掉辎重物资，每人仅带三日口粮，以示死战之心，全军开拔，一路上“人噤声，马衔枚”，悄无声息高速急行军，抵达咸宁海子外围时，阿勒坦竟毫无察觉。凌晨马芳发动总攻，先以火器攻击，马芳的“家兵”从阿勒坦大营两翼奇袭，马芳率主力正面突击，另有一支精骑在阿勒坦逃路上截杀，阿勒坦再次中计，马芳军四面合围，驰突奔杀，阿勒坦军仓皇弃营，踩踏砍杀殒命者甚重。经一夜血战，阿勒坦终于不支而逃，明军紧紧追赶，从咸宁海子一路向西追杀数十里。
此战阿勒坦伤亡甚重，仅被擒的部落首领就有十数人，缴获战马辎重无数，史称“大创之”。刚刚就任宣大总督的王崇古阅罢战报后就地大喜道：“大同可暂无事也。”
因阿勒坦强娶其孙把汉纳吉的未婚妻乌纳楚，把汉纳吉一怒之下竟带部下家人数十人至大同投奔明朝，阿勒坦闻讯后震怒，立刻率领十余万骑兵杀至大同外围，企图用武力欺压明朝交出把汉纳吉。但因马芳严防死守，阿勒坦丝毫未占到自制，而王崇古深谋远虑，一面妥善安置把汉纳吉，一面向明朝提议乘隙招抚阿勒坦。其时主政的高拱、张居正两位大学士皆对此全力支持，偏巧此时阿勒坦的宗子辛爱虽冒充兴兵协助阿勒坦，其实却按兵不动，企图借阿勒坦与明朝血拼的时机谋夺权力。
在马芳小挫阿勒坦后，王崇古派百户鲍崇德为使与阿勒坦谈判，经一番辩说，阿勒坦终于屈服道“天子若封我为王，统辖北方诸部，我当约令称臣，永不复叛。”获得阿勒坦允许后，双方告竣协议：阿勒坦向明朝交还之前叛逃至蒙古的赵全等人，明朝封爵把汉纳吉为指挥使，礼送回阿勒坦处。
阿勒坦逮捕赵全、李自馨、王廷辅、赵龙、张彦文、刘天麟、马西川、吕西川、吕小老至明朝，明朝也如约将把汉纳吉礼送归蒙古，为防阿勒坦抨击，明朝使臣更警告阿勒坦“汝孙今为朝廷命官，不行轻辱也。”是日阿勒坦与把汉纳吉祖孙俩“相抱而哭，连连南向叩头。”阿勒坦更对明朝“遣使报谢，誓不犯大同”，交流人员后，阿勒坦主动示好，下令昆都力，吉能等蒙古部落停止对明朝领土的侵扰，王崇古也向明朝廷上奏，建议明朝“以先朝忠顺王故事”封爵阿勒坦，“许贡入京”，且在领土上开放互市，从而实现明蒙双方的恒久宁静。虽有朝臣指责王崇古“邀近功，忽远虑”，但因大学士高拱、张居正等人支持，明朝终于下诏封爵阿勒坦为“顺义王”，其兄门生侄部下皆受封都督、同知、千户等官职，在延绥，红山敦，宁夏清水营等地开设“互市”，恢复汉蒙两族边民贸易。
阿勒坦在大同北面的晾马台正式举行“顺义王受封宣誓”的仪式，歃血盟誓道“世世代代，永不复叛”。此誓果真成真，之后不光蒙古其他部落有样学样，以至“河套各部皆求归附”，且“边鄙又安，蓟宣以抵甘固，六十余年边民生息，遂长不识兵革也。”此事结束了明蒙双方的大规模战争，告竣了著名的“隆庆和议”。
“隆庆和议”乐成后，马芳作为大同总兵，在每年五月，都受命率精兵护送王崇古到大同北面的弘赐堡接见蒙古各部首领，宣扬明朝威德，每次马芳部皆“兵甲威武，诸部皆拜服之”。
在神宗即位后的政治斗争中，原内阁首辅高拱失势被逐，大学士张居正取而代之，随后身为高拱亲信的王崇古，被御史陈堂弹劾“弛防徇敌”，不得不引咎告退，马芳随后也未能幸免。他担忧不能通过阅视，于是行贿武库司郎中林绍、怀隆及兵备参议吴哲、阅视侍郎吴百朋，吴百朋密告此事，奏请朝廷提审马芳。经兵部尚书杨博说情，神宗革去马芳的职务，勒令他“归家闲住”。
阿勒坦向朝廷索要封赏，并威胁要兵戎相见，朝廷立刻命马芳挂印，充任宣府总兵官。马芳到任后，整治戎马，在宣府郊外率领骑兵举行了数次“游猎”，蒙古各部闻讯后大惊道：“马太师归也。”阿勒坦急遽向朝廷“奉表谢罪，痛悔前过。”原本一触即发的兵祸就此消解。马芳因病请辞，解甲归乡，在家乡蔚州逝世，享年六十四岁，神宗闻讯后，按例赐祭葬。