怀恩，阉人，本姓戴，因族人犯罪而受到牵连，很小就做了阉人，赐名怀恩。宪宗时被提升为司礼监掌印太监，廉洁不贪、正直忠诚，孝宗幼年时期几度危难，怀恩调护得以保全。为了表彰怀恩的好事，孝宗特批为他制作显忠祠。
族兄兵部侍郎戴纶被杀，其父戴希文时为太仆卿，受株连被籍没，他以幼童入宫，被阉割为阉人，赐名怀恩。由于任事恭谨，成化时提升为司礼监掌印太监。其时汪直掌管西厂，梁芳、韦兴等亦很得宠，但怀恩辈分比他们高，性情又耿直，识义理，通典故，遇事常能以先朝的典故来进谏，又廉洁不贪，所以在阉人中威信很高。
户部尚书马昂等清理京营，礼部尚书奏称必得内臣共事，始可铲除宿弊，并力荐怀恩继续此任，获得允准。讨满四时，又与太监黄赐，兵部尚书白圭等加入商议军事，怀恩敢于掩护朝中正直的大臣，有个叫阿九的阉人，其兄担任京卫经历时，因犯了罪，被刘大夏笞打责罚。阿九向宪宗诬告，捕刘大夏进诏狱，全靠怀恩力救，才得释出。员外郎林俊弹劾梁芳及僧继晓，被逮下诏狱，宪宗想正法林俊，怀恩一再冒死力谏，宪宗震怒，用墨砚掷他，把他轰出去。
怀恩一面遣人斥责镇抚司谄媚梁芳，倾陷林俊的丑行，警告他们不得杀害林俊，一面称病不出任事，宪宗只得派太医去为他诊治，林俊亦终于被释放。时梁芳与僧继晓、李孜省等相互勾通，狼狈为奸，取中旨授千人以传奉官，有白衣骤至太常卿者。恰好遇上星变，诏撤诸传奉官，时御马监王敏请留马房传奉，已经由天子允准，怀恩仍痛骂王敏一顿。有个章瑾进贡宝石，求为锦衣卫镇抚，怀恩坚决阻挡，拒绝传旨，说，“镇抚掌管诏狱之事，怎么能够以贿用人”，并让兵部尚书余子俊等在外廷谏止，但余子俊不敢。
京师天变，‘有物金睛修尾，状如犬狸，负黑气入窗，直抵密室，至则人昏厥’，以致遍城惊扰。宪宗上朝，奉天门侍卫见责物而哗，连天子都要逃跑了，怀恩却能镇静地护持天子。
辽东巡抚陈钺以掩杀冒功激变兵士，权宦汪直欲自己前往平定以邀功，宪宗命怀恩等七人到内阁会兵部商议。怀恩知汪直前往一定生事，遂提出派大臣前往，以阻止汪直，获得马文升迅速响应，怀恩即入奏，派马文升往宣玺书抚慰，制止了发生事故。汪直主持西厂之为患，亦因怀恩能据实奏闻大学士商辂等的意见，才得停罢。
成化末年，万贵妃与梁芳等勾通，谋废太子，立兴王，怀恩力争，被宪宗斥逐到凤阳孝陵司香。孝宗即位，御史姜洪等力荐怀恩足副任使，得以召回，仍掌司礼监。怀恩执正如故，万安等忌何乔新朴直，把他排挤到南京任刑部尚书，怀恩不平，提出质询，又鼎力劝逐万安，用王恕。孝宗于宫中得阁臣万安进房中术的小箧，遣怀恩到内阁质问，并把群臣弹劾的章奏读给万安听，万安仍企图蒙混已往，被怀恩摘了牙牌，轰出宫外。陈准掌管东厂时，不妄生事端，也是因与怀恩关系密切，受到了怀恩的影响。
不久，怀恩由于积劳成疾而长辞人世，为了表彰怀恩的好事，孝宗特意批推为他制作显忠祠。