一、中央集权
刘秀以优待元勋贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，不外却摘除了他们的军政大权。刘秀鉴于西汉前期三公权重，权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由天子直接指挥的尚书台。(内外朝)
尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈天子，由天子裁决。今后，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。
但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。(前期集权，后期起到反作用)
二、整顿吏治
刘秀鉴于西汉后期吏治松弛、权要奢侈腐蚀的积弊，即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为怙恃仕宦；并对怙恃仕宦严格要求，赏罚从严。因而经过整顿之后，政界民风为之一变。故有“内外匪懈，黎民宽息”之誉。
刘秀对吏治的要求以严苛著称，史载其时“天子勤吏治，俗颇苛刻”“光武承王莽之余，颇以严猛为政”。这也导致了一些高官以微罪或无罪而受严惩，例如大司徒伏湛因为没有陈诉河南尹和司隶校尉在高庙争执而被罢官；大司徒韩歆因为多次直言进谏而被罢官，终至受责自杀；大司徒戴涉因所举荐的太仓令犯罪而死于狱中；大司空宋弘因在没有证据的情况下弹劾上党太守而被罢官；大司空朱浮因“卖弄国恩”而被罢官，等等。这种过于严苛的做法，使一些良臣受冤而死或免官，使君臣离心，此做法也受到了后人的一些批评。
三、精简地方
建武六年（30年），刘秀令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是刘秀下诏：“并省四百余县，吏职减损，十置其一。”
四、善待元勋
刘秀善待元勋，分封三百六十多位元勋为列侯，给予他们尊崇的职位，只解其兵权，并未诛杀太多，这已经不多了(究竟秦朝，诛杀的开国元勋主要有白起、蒙恬、蒙武、李斯等。其中白起、蒙恬被赐死时不知啥罪，李斯被腰斩灭三族;西汉刘邦登位之时一口气封7个异姓诸侯王，但最后全被刘邦干掉了，燕王臧荼、韩王韩信、赵王张敖、楚王韩信、梁王彭越、英布;刘秀有前人经验，他并没有苛侍元勋，使他们大多善终，不外刘秀也诛杀了开国元勋主要有刘扬、邓奉、庞萌三位开国上将，都是被刘秀所杀。其中刘扬是真定王，刘秀凭他起家。邓奉是刘秀铁哥们，救过刘秀妻子家人，庞萌是平狄将军，刘秀亲自讨伐杀掉。究竟开国，天子就畏惧功高盖主，领兵一方，不满起兵，故诛杀元勋，以警示众臣。)而且招揽大批文吏入朝。刘秀于建武六年（30年）让元勋列侯回到自己的封地。其时刘秀对三公要求严格，如果元勋们在朝担任官职的话难免犯错，这样会失去爵位和土地，刘秀为了保全他们的爵位的土地才让他们回到封地，远离朝廷。
五、军制革新
刘秀破除西汉时的地方兵制，取消内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。
但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方军力与势力又一次逐渐兴起。
六、边防政策
刘秀以“柔道”治国，致力于稳定统治的经济建设和政治建设，实行增强中央集权为中心的军制革新，针对周边少数族的威胁，制定了以守旧为主的边防政策。
刘秀的边防政策基本上维护了东汉政权领土宁静与社会稳定，成为“光武中兴“的重要原因，但其守旧性，也对东汉边防带来了消极的影响以及埋下祸根。