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阿紫携萧峰跳崖，却再一次如萧远山落在涧溪之中。经过珍珑一战，逍遥派人才凋零，苏星河中毒而死。
心灰意冷的薛慕华恰巧路径涧溪，救起坠崖的阿紫，却意外发现萧峰一气未绝。而亲眼目睹年老自折性命而息宋辽之战的段誉虚竹二人，虚竹携妻远离中原，返回天山缥缈峰，生子:李越绮。段誉携众女返回大理，内修理政，外接蕃夷，逍遥快活，生女:段嫣萱。
经过薛慕华的悉心照料，萧峰，阿紫完全回复，萧峰经过悬死之战，心却解脱释然，收汉人:独孤鸿为义子。
独孤鸿自小天赋异禀，十岁乃遇萧峰阿紫掉崖时所现之神雕，十五岁领悟萧峰降龙十八掌。恰是那时，中原武林再现涟漪，而甘为萧峰前后的薛慕华知萧峰心系武林，将武林再现蒙面神秘人之事见告萧峰。恰时，独孤鸿外出历练之心得阿紫支持。萧峰不置可否，薛慕华赠逍遥派医经一卷。途经无涯洞，得后十年纵横天下之剑—紫薇。
而此时段誉之女—段嫣萱好奇贪玩，踏足中原。于无名岛结识正值风华的独孤鸿。两人并不知父辈互为异兄，段女喜爱通灵神雕，想尽措施要把神雕策反，却搞得啼笑皆非。两人历经磨难，中途频频遭遇蒙面人袭击，而蒙面人所使之内功乃少林内经。一则为了视察实情，二则为了探望已经过百的义祖萧远山，两人齐向少林出发。
期间历经挫折，独孤鸿功力大增，而蒙面人每次只是试探性攻击，并不痛下杀手，使得两人颇为奇怪。及至少林，才发现路途蒙面之人乃萧峰所扮，意在磨练独孤鸿，和查清此次武林动荡之基础。两人再遇被虚竹派出历练的李越绮，三人于少林再结异性兄妹，一起前往无名岛视察武林之患。
自此，一场惊天阴谋开始酝踉，段嫣萱遇书生黄裳，李越绮误魔弑父，此时独孤鸿已身兼数家武学，于迷茫山摘得重剑（后杨过所使之剑）。
武林浩劫出，段嫣萱身死，黄裳身心怨愤，入武学，乃注九阴真经，于无名岛手刃对头，自此隐居一生，改无名岛为—桃花岛。
独孤鸿九入辽国，替宋解围，却为汉官所憎，遭武林恶徒围攻，心意惘然，杀众恶徒，领神雕入无涯洞，及至四十出，徒手无敌，融降龙十八掌为独孤九剑，更名独孤求败。乃埋众剑于无涯洞，清凉终身。